पौधों की वृद्धि और विकास को एक विशेष पैटर्न में नियंत्रित करने के लिए हरी मिर्च के पौधे के कुछ हिस्सों को चुनिंदा रूप से हटाने की प्रक्रिया को प्रूनिंग या छंटाई कहा जाता है। समय पर हरी मिर्च के पौधे की प्रूनिंग करने से नए पत्ते और शाखाएं निकलती हैं और पौधे का अच्छा विकास होता है।